Kandang yang bersih merupakan salah satu faktor yang mempengaruhi kesehatan ternak. Kandang yang kotor dapat mengundang berbagai macam lalat ektoparasit yang bersifat merugikan bagi ternak dan peternak. Lalat merupakan salah satu serangga pengganggu pada ternak, di antaranya lalat penghisap darah, lalat rumah dan lalat penyebab miasis. Lalat termasuk dalam Ordo Diptera mengalami metamorfosis sempurna melalui 4 siklus hidup yakni telur, larva, pupa dan dewasa.

Contoh lalat penghisap darah adalah Haematobia sp., Stomoxys calcitrans, Tabanus sp., Chrysops sp., Hippobosca sp. yang dapat menyebabkan stress dan gangguan kesehatan ternak. Lalat penghisap darah dapat menyebabkan terjadinya penularan penyakit antraks dan anaplasmosis. Selain itu gigitan dapat menyebabkan stres sehingga dapat menurunkan bobot badan dan efisiensi konversi pakan pada ternak, serta dapat menurunkan produksi susu pada sapi perah. Gigitan juga dapat menimbulkan kerusakan kulit, anemia, dan penurunan sistem imun.

Lalat rumah atau Musca domestica juga merupakan salah satu serangga pengganggu pada ternak. M. domestica merupakan lalat yang tersebar d seluruh dunia yang berperan penting bagi kesehatan hewan dan manusia. Selain M. domestica dapat ditemukan spesies lainnya seperti Musca sorbens, Musca seniorwhite, M. confiscata, M. inferior, M. autumnalis, M conducens dan lain-lain pada peternakan baik sapi potong maupun sapi perah. Beberapa spesies dari Musca dapat menjadi vektor biologis bagi cacing Thelazia gulosa, T. rhodesi, dan T. skrjabini pada mata sapi.

Berbagai jenis lalat dapat menjadi vektor penyebaran beberapa penyakit seperti M. domestica menyebarkan Bacillus anthracis dan Dermatophillus congolensis; S. calcitrans menyebarkan B. anthracis, D. congolensis dan Anaplasma marginale; Tabanus sp menyebarkan Trypanosoma evansi (penyakit surra), B. anthracis dan dan A. marginale.

Lalat Haemotobia exigua biasa menyerang dalam jumlah ribuan yang menghisap darah dan menyebabkan hewan kehilangan darah dalam jumlah besar serta bekas gigitan menyebabkan hewan kesakitan. Lalat ini dapat menjadi vektor penyebaran Stephanoflaria.

Hypoderma bovis meletakkan telur pada tubuh sapi dan saat larva menetas bermigrasi ke esofagus dan jaringan di sekitar sumsum tulang belakang yang meninggalkan bekas nekrotik. Chrysomya bezziana menyebabkan miasis pada ternak akibat telur yang menetas menjadi larva di jaringan tubuh ternak. Larva tersebut memakan jaringan tubuh ternak sehingga mengakibatkan rasa yang sangat tidak nyaman pada ternak. Daerah endemis miasis yakni Sumba Timur, Lombok, Sumbawa, Papua, Jawa, dan Sulawesi. Pengobatan miasis dapat dilakukan dengan melakukan penyemprotan antiparasit pada luka serta melakukan penyuntikan obat seperti ivermectin.

Populasi lalat dipengaruhi oleh suhu lingkungan, kebersihan kandang (keberadaan kotoran), dan kelembaban. Lalat juga lebih banyak muncul pada musim penghujan dan menurun pada musim kemarau. Kontrol serangga dapat dilakukan dengan penggunaan obat-obatan anti serangga yang dijual secara komersil. Selain itu sebaiknya kandang ternak dibuat jauh dengan pemukiman penduduk.