Berdasarkan Undang-undang Nomor 17 tahun 2003 tentang Keuangan Negara, seluruh Kementerian/Lembaga Negara diwajibkan untuk menyusun dan menyampaikan Laporan Keuangan kepada Presiden melalui Menteri Keuangan sebagai bentuk pertanggungjawaban anggaran yang dikelolanya. Tugas utama sekretariat UAPPA/B-W diantaranya adalah melaksanakan penyusunan laporan keuangan konsolidasi Kementrian Pertanian dan membantu peningkatan SDM petugas SAI.
Berdasarkan Peraturan Menteri Pertanian Nomor 41/Permentan/OT.140/1/2008 telah menunjuk Balai Pengkajian Teknologi Pertanian (BPTP) diseluruh Indonesia sebagai sekretariat UAPPA/B-W (Unit Akuntansi Pembantu Pengguna Anggaran/Barang Wilayah di tiap Provinsi. BPTP Kaltim ditunjuk sebagai sekretariat UAPPA/B-W di Provinsi Kalimantan Timur, yang berfungsi sebagai mediator antara pimpinan Kementerian Pertanian dan pimpinan daerah. Pengarah UAPPA/B-W Provinsi Kalimantan Timur adalah Sekretaris Daerah Provinsi Kalimantan Timur dengan Koordinator UAPPA/B-W adalah Kepala Bapedda. Pada tahun 2010 satker yang berada di UAPPA/B-W sebanyak 63 satker dengan rincian 4 (empat) satker Kewenangan Daerah,16 satker Dekonsentrasi, dan 43 satker Tugas Pembantuan yang ada di Provinsi dan Kabupaten/Kota. 
Diharapkan dengan adanya sekretariat UAPPA/B-W dapat membantu kelancaran penyusunan, pembuatan dan pengiriman laporan keuangan serta peningkatan kualitas laporan keuangan Satuan Kerja Perangkat Daerah (SKPD) penerima dana dari lingkup Kementerian Pertanian.